Ich kann auch aus (schlechter) Erfahrung sagen, dass selbst mit großem Aufwand beim Spachteln/Grundieren/Lackieren MDF einfach durch die Feuchtigkeit so viel arbeitet, dass man am Ende kein perfektes Ergebnis erwarten kann.

Das Problem kannst du zumindest angehen, indem du
– die Stöße mit Schattenfugen versiehst
– durchfärbtes MDF verwendest (falls das MDF in deiner Wunschfarbe zu haben ist musst du nur noch Wachsen oder klar Lackieren).
– auf Gehrung sägst
– Multiplex nimmst

Ausfräsungen mache mit 1mm Durchmesser mehr als angegeben. Wenn man die Innenseite der Ausfräsung auch noch dick Lackieren möchte evtl. auch mal 2mm.